La principal deidad de los mixtecos era Yoztalpépetl, que significa "corazón del pueblo". Los zapotecas adoraban al dios Cocijo, que es el dios del trueno y de la lluvia.
Practicaban culto a los animales, a ésto se le llama Nahualismo. Las personas de las tribus tenían un animal protector. Lo obtenian al poner cenizas en la choza donde vivían cada vez que una madre daba a luz a un bebé, al siguiente día la huella del animal que se formara sería el "tótem" del niño, éste lo representa y le da su personalidad.
Jerarquía
En sus principios las aldeas se formaban con un conjunto de tres a diez familias, éstas estaban emparentadas a través del matrimonio o parentezco.
La organización política se determinaba tomando en cuenta el poder, la riqueza, fuerza armada o poder político y religión. La máxima autoridad era el cacique y era determinado por herencia. Entre sus ocupaciones esta ser el juez y jefe supremo en la guerra, elegir a los sacerdotes y a sus consejeros.

Calendario
Tenían dos calendarios, el solar usado para las cosechas, con 365 días agrupados en 18 meses, y el pije, usado para dar nombre a los recién nacidos, con 260 días divididos en 13 meses.
Juego de pelota
El juego de pelota fue una actividad trascendente, era muy popular y se sigue practicando hoy en día. Es un poco parecido al tenis y era practicado entre los aztecas, zapotecas y mixtecas. Se practica en el monte albán pero a la llegada de los españoles fue prohibido, siendo así se practicaba clandestinamente.